随着科技国际化和我国对外开放的深入发展，我国高校参与国际科技合作渐趋活跃，合作领域逐步拓展、合作对象日趋多元、合作形式更加多样，对促进我国科技国际化进程、增强我国科技创新实力，特别是提升高校科学研究能力和人才培养能力发挥了重要作用。但面对新的形势和要求，我国高校的国际科技合作仍然存在许多问题和瓶颈制约。
　
　　1.高校国际科技合作的层次偏低、总体质量不高。从内容上看，一般性的人员交流占主要部分，高水平的合作研究还比较少，我国高校参与国际大科学工程和研究项目还不多、参与深度还非常有限。从合作性质看，参与性的合作比较多、主导性的合作明显不足，真正符合高校人才培育和学科建设需求的研究项目还比较少。

　　2.国际科技合作的管理体制和运行机制亟待改革突破。一些高校对教师开展国际科技合作交流缺乏完善的激励机制，没有把国际科技合作业绩作为教师晋级、业绩考核的关键考核指标；高校现行科研评价体系有着极为深厚的“第一”情结，论文署名要第一作者、科研项目要第一完成人，这在很大程度上阻碍了科研合作与协同创新。

　　3.高校国际科技合作能力及保障条件建设亟需加强。一是缺乏专业化、复合型的国际合作人才团队，能够参与国际谈判的科学家还比较少、可以胜任国际学术组织领导职务的科学家更是凤毛麟角，既懂专业知识、又熟悉国际规则的科技管理和服务人才也明显不足。二是高校国际合作的财政经费支持相对不足。目前，国家自然科学基金总经费中，国际科技合作与交流经费仅占4%；国家科技部、教育部、中科院等部委虽然对国际科技合作项目也有资金支持，但比例都比较小。